Fue en 1992 cuando la Selección Nacional de Fútbol de Croacia fue admitida oficialmente en la FIFA por primera vez. Dos años antes Croacia obtuvo la independencia de Yugoslavia y en el mismo año, comenzaron a crear un equipo nacional.
La Selección Nacional de Fútbol de Yugoslavia llegó a la final de la Copa de Europa dos veces en los años 60 y también obtuvo un tercer lugar en la primera Copa del Mundo en 1930.

Desde la disolución, Croacia ha sido el mejor equipo nacional de fútbol de la ex Yugoslavia.
En 1990 Croacia invitó en Zagreb al equipo nacional de los EE. UU. para jugar un primer partido extraoficial. Los anfitriones ganaron por 2-1. Luego, en los años 90, el equipo croata comenzará a participar en los torneos más importantes.
En el Campeonato de Europa de 1996, Croacia venció al vigente campeón, Dinamarca, antes de llegar a los cuartos de final contra Alemania y caer eliminada.

Dos años más tarde, el equipo croata fue la sorpresa del Mundial de 1998 en Francia. Teniendo en el plantel jugadores como Zvonimir Boban, Robert Prosinečki y Aljosa Asanovic, Croacia estaba en el grupo al lado de Argentina, Jamaica y Japón. Al anotar el 3-1 contra Jamaica, Prosinecki se convirtió en el primer jugador en marcar en la Copa del Mundo para dos países diferentes (Croacia y Yugoslavia). Con una victoria contra Japón y una derrota por 1-0 ante Argentina, Croacia se clasificó para los octavos de final. Allí Croacia derrotó a Rumanía gracias a un gol de Suker, y alcanzó los cuartos de final contra Alemania.
El partido fue una oportunidad para vengar los cuartos de final de la Copa de Europa de 1996. Los alemanes jugaron toda la segunda parte con un hombre menos, y Croacia ganó 3-0. La venganza fue lograda. 
En las semifinales contra Francia (anfitrion de la competición), Suker anotó justo al comienzo de la segunda mitad. Un minuto después, Francia empató y despues quince minutos marcó el 2-1 final.
Por cierto, en su primera participación en la Copa del Mundo, Croacia ganó por 2-1 la final para el tercer puesto contra Holanda.
Šuker marcó en cada partido (6), siendo el máximo goleador de la competición. Fue un delantero increíble, tal vez el mejor finalizador de Europa entre 1996 y 1998.

Posteriormente Croacia alcanzará los cuartos de final de la Copa de Europa en 2008, perdiendo contra Turquía.

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